De 'ring' op de vlag stelt een kompas voor. Bonaireanen zijn immers goede zeelui en vissers. Ze bevat vier gelijkzijdige driehoeken. Dit staat voor gelijkheid voor alle mensen uit het noorden, oosten, zuiden en westen. Waar men ook vandaan kwam op het eiland, men werd gelijk geacht aan elkaar.De zespuntige rode ster is opgebouwd uit twee gelijkzijdige driehoeken. Deze ster vertegenwoordigt de zes oorspronkelijke dorpen op Bonaire, Playa, Nikiboko, Tera Korá, Antriol, Nort Saliña en Rincon. De rode kleur van de ster staat voor het bloed, de overlevingskracht van de Bonaireaan.Het gele gedeelte staat voor de zon en de bloemen die het eiland kent. De meeste oorspronkelijke Bonaireaanse bloemen zijn geel zoals de Kibrahacha, Anglo en de cactusbloemen.De kleur wit staat voor vrede en internationalisme.De zee met haar hoge golven vormt de betekenis van het blauwe gedeelte. De Bonaireanen waren mensen met veel moed. In de oorlogstijd voer men op zee om het olietransport vanaf Venezuela in stand te houden. Van deze zeelieden stierf ongeveer 80 procent door aanvallen van duikboten. Het blauwe gedeelte is een herdenking aan de moedige Bonaireaan.De vlag is in gebruik sinds 11 december 1981. Professor Whitney Smith heeft de richtlijnen aangegeven tijdens het ontwerp van de Bonaireaanse vlag.